Pierwsze próby założenia Koła zostały podjęte na początku roku akademickiego 1969/70. Usiłowano związać się ze Stowarzyszeniem Przyjaciół ONZ, ale koncepcja ta nie została zrealizowana. Dlatego 9 X 1970 r. postanowiono powołać Studenckie Koło Misyjne ATK. Jego podstawowym celem było propagowanie i zgłębianie problematyki misyjnej Kościoła, poszerzanie wiedzy z zagadnień Trzeciego Świata oraz utrzymanie kontaktów z Polonią zagraniczną. Pierwszym opiekunem Koła został o. Feliks Zapłata, później o. dr Wł. Kowalak, a na początku lat 80. o. dr Antoni Kurek. W połowie lat 90. opiekunem Koła został dr Eugeniusz Sakowicz. W latach 1999-2005 opiekunem Koła był o. dr hab. Jarosław Różański OMI; latach 2005-2007 o dr Wojciech Kluj OMI. Od 2007 r. opiekunem Koła jest o. dr Tomasz Szyszka SVD.Do grona członków Koła zaliczali się wszyscy studenci misjologii, spora grupa słuchaczy innych specjalizacji oraz misjonarze. W spotkaniach uczestniczyli też sympatycy SKM. Na przykład w roku akademickim 1971/72 liczba członków wynosiła 43 osoby, a w 1977/78 - 54 osoby. Zgodnie ze statutem, zebrania Studenckiego Koła Misyjnego (SKM) odbywały się raz w miesiącu i obejmowały referaty wygłaszane przez członków Koła i gości oraz sprawy bieżące.

Do realizacji podstawowego celu SKM, jakim było zagłębianie tematyki misyjnej, przyczyniały się zarówno spotkania naukowe organizowane przez Koło w ramach Akademii Teologii Katolickiej, jak i sesje wyjazdowe. Takie spotkania owocowały nawiązywaniem kontaktów z innymi stowarzyszeniami misyjnymi i stwarzały możliwość różnorakiej współpracy. Kontakty te znacznie ożywiły pracę SKM i przyczyniły się do wymiany praktycznych spostrzeżeń organizacyjnych, a także do rozwoju myśli naukowej. Nieodłącznym elementem pracy SKM był czynny udział w przygotowaniu sympozjów misjologicznych.Tradycją SKM stało się organizowanie ,,Opłatka”. Była to uroczystość gromadząca członków i sympatyków Koła. Przebiegała w rodzinnej atmosferze łamania się opłatkiem, składania życzeń i śpiewania kolęd. Studenckie Koło Misyjne posiadało własną stałą gablotę, w której odnawiana co miesiąc ekspozycja informowała wspólnotę studencką o pracy polskich misjonarzy i innych formach działalności misyjnej. Z lat 80. pozostały tylko relacje z sympozjów misjologicznych. Brakuje świadectw na piśmie o działalności Studenckiego Koła Misyjnego. Z przekazów ustnych wiadomo, że nadal organizowano spotkania z misjonarzami, wyjazdy na imprezy naukowe, opłatek. Opiekowano się również gablotą misyjną. W latach 90. praca Koła przybrała charakter jednorazowych działań, np. uczestnictwo w spotkaniach naukowych. Pierwsze spotkanie Koła w ramach nowej Uczelni (UKSW) odbyło się 3 XII 1999 r. w Domu Misjonarzy Kombonianów przy ul Łącznej 14/16 w Warszawie. Spotkanie prowadził nowy opiekun Koła, o. dr Jarosław Różański OMI. Celem spotkania było sprecyzowanie nazwy Kola, statutu oraz jego działalności na najbliższe lata.

Działalność Koła w latach 1999-2008 koncentrowała się wokół następujących inicjatyw: organizowanie sympozjów i konferencji; organizowanie spotkań z misjonarzami oraz misjologami z innych uczelni; działalność publicystyczna („Misje Dzisiaj”, „Misyjne Drogi”); organizowanie otwartych  wykładów; prowadzenie gabloty misyjnej; wizyty w ośrodkach zakonnych i muzeach misyjnych; szerzenie idei misyjnej przez  środki audiowizualne oraz Internet. Naukowe Koło Misjologów podjęło inicjatywę obchodów Dnia Pamięci i Modlitwy za współczesnych Misjonarzy Męczenników (24 marca). Przez modlitewną pamięć, konferencje oraz publikacje podejmowało starania przybliżenia martyrologii Kościoła naszych czasów. Koło Misjologów zorganizowało szereg spotkań, których gośćmi byli zasłużeni misjonarze, etnografowie, podróżnicy, dziennikarze i przedstawiciele świata politycznego. W ramach działalności misyjnego UKF wyświetlono wiele misyjnych filmów: „Romero” (reż. John Duigan), „Misja” (reż. Roland Joffé), „Spalony dom” (reż. Massino Spano), „Bogowie muszą być szaleni” (reż. Jimmy Uys), „Sposób na Afrykę” (Ryszard Czajkowski), „Misjonarz-człowiek w drodze” (ks. Marian Midura), „Dzieci Afryki” (ks. Andrzej Halemba), „Wojna w Sudanie (reż. Agnieszka Dzieduszycka), „Misjonarz – człowiek w drodze”; „Polskie odcienie Afryki” (reż. Jakub Barua), „Posłańcy Pana Boga” (Piotr Zarębski)Prezentowanym filmom towarzyszyły obszerne wprowadzenia przygotowane przez studentów, dyskusje oraz wystawy misyjne.

Naukowe Koło Misjologów nie ograniczało się w swojej działalności do terenu Uniwersytetu, ale współpracowało z innymi ośrodkami studenckimi. 7 XI 2002 r. Sekcja Misjologii Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego, powołała I Misyjną Olimpiadę Znajomości Afryki, skierowaną do wszystkich liceów ogólnokształcących w Polsce. Siedzibą Główną Olimpiady była Komisja Episkopatu ds. Misji współdziałająca z Sekcją Misjologii, a w sposób szczególny ze studenckim Naukowym Kołem Misjologów UKSW. Patronat nad tą inicjatywą przyjęło Ministerstwo Edukacji Narodowej i Sportu.Studenci Misjologii z Naukowego Koła Misjologów Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie przyznali po raz pierwszy w historii specjalną Nagrodę Afrykańskiego Słonia. Nagroda ta zgodnie z regulaminem (§  2.) wręczana jest za osiągnięcia w dziedzinie  misjologii. 27 V 2003 r. na walnym zebraniu NKM pierwsza tego typu Nagroda jednomyślnie została przyznana pani doktor Wandzie Błeńskiej, która – oprócz dorobku misjologicznego – przez 43 lata pełniła służbę misyjno-lekarską niosąc pomoc medyczną ludziom chorym na trąd w Ugandzie. Laureatami kolejnych nagród byli: o. dr hab. Antoni Kurek oraz kard. Adam Kozlowiecki.